Nya Neisseria gonorrhoeae referensstammar för global kvalitetssäkring av laboratorieundersökningar - fenotypisk, genetisk och karakterisering av nya referensgenom
Nya Neisseria gonorrhoeae referensstammar för global kvalitetssäkring av laboratorieundersökningar - fenotypisk, genetisk och karakterisering av nya referensgenom
Project number : 197841
Created by: Daniel Golparian, 2016-06-07
Last revised by: Daniel Golparian, 2019-04-29
Project created in: FoU Region Örebro län

PublishedPublished
2015-06-01
Rekrytering/datainsamling pågår
2016-08-01
Projektet avslutat

Titel och sammanfattning

Populärvetenskaplig sammanfattning

Den sexuellt överförbara sjukdomen gonorré är ett globalt folkhälsoproblem med 78 miljoner fall/år. Under endast de senaste 10 åren har Neisseria gonorrhoeae (gonokocken) erhållit resistens mot det sista singeldos behandlingen, ceftriaxon. I denna situation har bland andra Europeiska folkhälsomyndigheten (ECDC) och Världshälsorganizationen (WHO) svarat med regionala och globala aktionsplan för att kontrollera och följa resistensutvecklingen hos gonokocken. Aktionsplanen ska i tidigt skede upptäcka och förhindra spridningen av nya resistenta kloner. I denna studie ska vi fenotypiskt, genetiskt och genomiskt karakterisera 14 nya N. gonorrhoeae referensstammar. Dessa ska sedan vetenskapligt publiceras med all deras karakteristika och isolaten ska vara tillgängliga via WHO Collaborating Centre for Gonorrhoea and Other STIs (WHO CC) för externa laboratorier som kvalitetskontroller vid diverse olika tester och analyser (fenotypisk, genetisk och genomiskt) för bl a diagnostik, antibiotika resistenstestning och epidemiologisk karakterisering. Dessa ska även komma att användas i forskning- och utvecklingssyfte av vaccin, nya antibiotika, nya diagnostiska metoder och identifiering av nya resistensgener, främst för att dessa 14 N. gonorrhoeae stammar kommer att vara de första tillgängliga N. gonorrhoeae stammar vilka kommer att ha fullt bestämda och beskrivna DNA strukturer, inklusive epigenetiska strukturer.

Projektspecifik information

Ämnesord

checked Biomedicin


(Only selected options are displayed. Click here to display all options)

Studietyp

Observationsstudie

Randomiserad studie

Nej

Diagnoskod för huvuddiagnos

A30-A49 Andra bakteriesjukdomar

Multicenterstudie

Nej

Inklusionsstatus

 Planerat antalAntal tillfrågadeScreen-failureAntal randominserade
n=Ej applicerbart   

Vetenskaplig sammanfattning

OBJECTIVES:

Gonorrhoea and MDR Neisseria gonorrhoeae remain public health concerns globally. Enhanced, quality-assured, gonococcal antimicrobial resistance (AMR) surveillance is essential worldwide. The WHO global Gonococcal Antimicrobial Surveillance Programme (GASP) was relaunched in 2009. We describe the phenotypic, genetic and reference genome characteristics of the 2016 WHO gonococcal reference strains intended for quality assurance in the WHO global GASP, other GASPs, diagnostics and research worldwide.

METHODS:

The 2016 WHO reference strains (n = 14) constitute the eight 2008 WHO reference strains and six novel strains. The novel strains represent low-level to high-level cephalosporin resistance, high-level azithromycin resistance and a porA mutant. All strains were comprehensively characterized for antibiogram (n = 23), serovar, prolyliminopeptidase, plasmid types, molecular AMR determinants, N. gonorrhoeae multiantigen sequence typing STs and MLST STs. Complete reference genomes were produced using single-molecule PacBio sequencing.

RESULTS:

The reference strains represented all available phenotypes, susceptible and resistant, to antimicrobials previously and currently used or considered for future use in gonorrhoea treatment. All corresponding resistance genotypes and molecular epidemiological types were described. Fully characterized, annotated and finished references genomes (n = 14) were presented.

CONCLUSIONS:
The 2016 WHO gonococcal reference strains are intended for internal and external quality assurance and quality control in laboratory investigations, particularly in the WHO global GASP and other GASPs, but also in phenotypic (e.g. culture, species determination) and molecular diagnostics, molecular AMR detection, molecular epidemiology and as fully characterized, annotated and finished reference genomes in WGS analysis, transcriptomics, proteomics and other molecular technologies and data analysis.

Involverade parter

Arbetsplats

Added workplaces

Regioner - Region Örebro Län - Hälso- och sjukvård - Område thorax kärl diagnostik - Laboratoriemedicinska kliniken workplace verified by Region Örebro län on 2018-06-14
Huvudhandledare: Magnus Unemo

Supervisor

Magnus Unemo
Mikrobiolog/Molekylärbiolog, Laboratoriemedicinska kliniken

Slutrapport

Slutrapport

Detta projekt är avslutad och resulterade i en publikation med 

Nya Neisseria gonorrhoeae referensstammar för global kvalitetssäkring av laboratorieundersökningar - fenotypisk, genetisk och karakterisering av nya referensgenom, from FoU Region Örebro län
http://www.researchweb.org/is/en/fourol/project/197841