Utbrott av MRSA - ger snabb sekvensering med Nanopore tillförlitlig information?
Utbrott av MRSA - ger snabb sekvensering med Nanopore tillförlitlig information?
Project number : 273148
Created by: Amaya C. Lagos, 2019-10-31
Last revised by: Amaya C. Lagos, 2019-10-31
Project created in: FoU Region Örebro län

PublishedPublished
2019-11-01
Planering och förberedelse

Titel och sammanfattning

Populärvetenskaplig sammanfattning

Methicillinresistenta Staphylococcus aureus (MRSA) är en av de viktigaste multiresistenta bakterierna som vi idag har problem med i modern sjukvård. Molekylärbiologisk typning av MRSA används vid smittspårning kring all nya fall och ju tidigare man upptäcker ett eventuellt utbrott desto större chanser att förhindra en större spridning. Med dagens nyare sekvenseringstekniker, som tex Nanopore sekvensering, finns nu möjlighet att sekvensera isolat på bara ett par timmar jämfört med flera dagar. Problemet med dessa nyare tekniker är att de ännu ej ger lika bra kvalité men då man kan sekvensera många kopior av väldigt långa DNA: fragment vill vi här undersöka om kvaliten ändå blir tillräckligt bra för kunna använda Nanopore sekvensering som en screeningsmetod för att tidigt upptäcka utbrott.
Under senaste åren har flera utbrott av MRSA identifierats på Neonatal avdelningen här på USÖ med vidare spridning inom sjukhuset. Av dessa kommer ca 80 kliniska isolat användas för att jämföra Nanopore sekvensering med Illumina sekvensering som idag utförs som rutindiagnistik här i Örebro. Ytterligare kommer 20 isolat analyseras som vi erhållit i en pågående kvalitetssäkring av helgenomsekvensering i Sverige via ett nationellt Genomic Medicine Sweden (GMS) projekt och Folkhälsomyndigheten.

Detta projekt kommer att ge mycket ny värdefull information om både hur säker och hur snabb Nanoporetekniken är vid utbrottsrelaterad typning av MRSA.

Projektspecifik information

Ämnesord

checked Klinisk laboratoriemedicin


(Only selected options are displayed. Click here to display all options)

Studietyp

Prövning av diagnostik

Randomiserad studie

Nej

Diagnoskod för huvuddiagnos

A30-A49 Andra bakteriesjukdomar

Diagnoskod för underdiagnos

B95-B98 Bakterier, virus och andra infektiösa organismer

Multicenterstudie

Nej

Etikprövningsmyndighetens diarienummer

Ej aktuellt

Inklusionsstatus

 Planerat antalAntal tillfrågadeScreen-failureAntal randominserade
n=80   

Vetenskaplig sammanfattning

Med hjälp av denna studie kommer vi att kunna bekräfta om kvaliten av sekvenseringsdatan blir tillräckligt bra för kunna använda Nanopore sekvensering som en screeningsmetod för att tidigt upptäcka om MRSA isolat är genetisk lika eller för att kunna användas som första metod i samband med utbrottsutredning. 

Involverade parter

Arbetsplats

Added workplaces

Regioner - Region Örebro Län - Hälso- och sjukvård - Område thorax kärl diagnostik - Laboratoriemedicinska kliniken workplace verified by Region Örebro län on 2018-06-14

Medarbetare i projektet

Bo Söderquist
Överläkare, Medicinska vetenskaper, Laboratoriemedicinska kliniken, Infektionskliniken

Roll i projektet

checked Medarbetare
Martin Sundqvist
Leg. läkare, Laboratoriemedicinska kliniken

Roll i projektet

checked Medarbetare

Supervisor

Paula Mölling
Molekylärbiolog, docent, Laboratoriemedicinska kliniken

Utbrott av MRSA - ger snabb sekvensering med Nanopore tillförlitlig information?, from FoU Region Örebro län
http://www.researchweb.org/is/en/fourol/project/273148