Införande av molekylärdiagnostisk testning av BRAF-fusionsgener i klinisk rutin gällande hjärntumörer hos barn
Project number : 224711
Created by: Frida Abel, 2017-03-13
Last revised by: Frida Abel, 2018-01-02
Project created in: FoU i Västra Götalandsregionen

Not updatedNot updated

1. Översiktlig projektbeskrivning

Engelsk titel

Integration of molecular dignostic testing of BRAF fusion genes in pediatric brain tumors in the clinic

Populärvetenskaplig sammanfattning av projektet

Hjärntumörer (CNS-tumörer) är den vanligaste solida tumörformen hos barn. Det finns ett stort behov av bättre diagnostiska verktyg och behandlingsstrategier för att förbättra patientvård. Identifiering av förvärvade genetiska förändringar har bidragit till en djupare kunskap kring hur cancer utvecklas, och utgör också s.k. ”markörer” som kan användas för att ställa rätt diagnos. Med hjälp av markörer kan man matcha diagnos med rätt medicinering och samtidigt följa hur patienten svarar på behandling.

Vi fann nyligen en ny genetisk markör, ett s.k. fusionsgen i ett låggradigt gliom. Listan på nya fusionsgener hos barnhjärntumörer ökar ständigt. De flesta fusionsproteiner i dessa tumörformer ökar aktivering av MAPK signaleringsvägen, och det har nyligen utvecklats nya behandlingsformer mot just MAPK-vägen. De olika behandlingsstrategierna fungerar enbart på en vissa genetiska profiler, dvs de är riktade mot specifika förändringar i tumören. Det blir därmed desto viktigare att utveckla en snabb och pålitlig genetisk testning av mutationer och fusionsgener i barnhjärntumörer. För att hitta det mest optimala tillvägagångssättet behöver olika molekylärgenetiska verktyg utvärderas och valideras ytterligare. Det aktuella projektet syftar till 1) att optimera och integrera diagnostisk testning av fusionsgener i klinisk rutin, 2) att utvärdera panelbaserad DNA- och RNA-sekvensering för att hitta behandlingsgrundande genetiska förändringar i en unik kohort av barnhjärntumörer. Mer specifikt så utvärderar vi olika metoder, bl.a. fluorescens in situ hybridisering (FISH) och Next generation sequencing (NGS) för dess sensitivitet och specificitet för detektion av genetiska förändringar för användning i klinisk diagnostik. På detta sätt hoppas vi att i framtiden kunna erbjuda enkla tester för att undersöka vilken tumörtyp som föreligger, upptäcka och stoppa spridning av sjukdomen, samt följa upp hur tumören svarar på behandling. Förbättrad molekylärdiagnostik och funktionella studier av biomarkörers betydelse för tumörutveckling är centralt i framtagandet av nya och förbättrade behandlingsformer.

Vetenskaplig sammanfattning av projektet

CNS tumors are the most common solid tumors in children. There is a considerable need for better diagnostic tools and treatment strategies to improve patient care. Increasingly, the development of therapies involves defining drug-diagnostic combinations where the presence of diagnostic markers identifies patients who are most likely to respond to a specific therapy. We recently identified a novel GTF2I-BRAF fusion in a pilocytic astrocytoma [1], and the list of newly identified BRAF fusions in pediatric low-grade glioma is continuously growing. Due to recent advances in therapeutics targeting the MAPK pathway and diverse response depending on the mutation status, rapid genetic testing of mutation and fusion genes in pediatric low-grade glioma is becoming essential. To find the best diagnostic approach for BRAF-fusion typing in the clinic, different molecular detection methods needs further evaluation and validation. The aim of the present study is to 1) optimize and integrate diagnostic testing of BRAF-fusions in the clinic and 2) to investigate the targeted DNA- and RNA- sequencing as a tool for the identification of tumor-specific driver mutations and actionable targets in of a unique set of pediatric CNS tumors with different diagnosis. We intend to investigate the sensitivity and specificity of three molecular techniques; OncoScan SNP-array, Fluorescence in situ hybridization (FISH), and qPCR, in a larger cohort of 50 retrospective pediatric low-grade glioma tumors. Fresh frozen CNS tumor samples will be characterized for mutation and fusion status using targeted resequencing of DNA and RNA (50 known cancer genes including BRAF and RAF). BRAF-status genetic testing will be vital tool in clinical routine for treatment guidance of pediatric tumors. Understanding the biological impact of genetic alterations will also open new opportunities for therapeutic intervention, and improved personalized care for children with brain tumors.

Typ av projekt

Forskningsprojekt

MeSH-termer för att beskriva typ av studier

checked Prospektiva studier (Prospective Studies)
checked Retrospektiva studier (Retrospective Studies)
checked Kohortstudier (Cohort Studies)


(Only selected options are displayed. Click here to display all options)

MeSH-termer för att beskriva ämnesområdet

information Added MeSH terms
Brain Neoplasms
Neoplasms of the intracranial components of the central nervous system, including the cerebral hemispheres, basal ganglia, hypothalamus, thalamus, brain stem, and cerebellum. Brain neoplasms are subdivided into primary (originating from brain tissue) and secondary (i.e., metastatic) forms. Primary neoplasms are subdivided into benign and malignant forms. In general, brain tumors may also be classified by age of onset, histologic type, or presenting location in the brain.
Peripheral Nervous System Neoplasms
Neoplasms which arise from peripheral nerve tissue. This includes NEUROFIBROMAS; SCHWANNOMAS; GRANULAR CELL TUMORS; and malignant peripheral NERVE SHEATH NEOPLASMS. (From DeVita Jr et al., Cancer: Principles and Practice of Oncology, 5th ed, pp1750-1)
Spinal Cord Neoplasms
Benign and malignant neoplasms which occur within the substance of the spinal cord (intramedullary neoplasms) or in the space between the dura and spinal cord (intradural extramedullary neoplasms). The majority of intramedullary spinal tumors are primary CNS neoplasms including ASTROCYTOMA; EPENDYMOMA; and LIPOMA. Intramedullary neoplasms are often associated with SYRINGOMYELIA. The most frequent histologic types of intradural-extramedullary tumors are MENINGIOMA and NEUROFIBROMA.
Meningeal Neoplasms
Benign and malignant neoplastic processes that arise from or secondarily involve the meningeal coverings of the brain and spinal cord.
Central Nervous System Cysts
Congenital or acquired cysts of the brain, spinal cord, or meninges which may remain stable in size or undergo progressive enlargement.

Projektets delaktighet i utbildning

checked Ej del i utbildning


(Only selected options are displayed. Click here to display all options)

2. Projektorganisation och finansiering

Arbetsplatser involverade i projektet

information Added workplaces
Regioner - Västra Götalandsregionen - Specialiserad vård - Sahlgrenska Universitetssjukhuset - Område 4 - Laboratoriemedicin - Klinisk patologi och genetik workplace verified by Västra Götalandsregionen on 2018-02-27
Regioner - Västra Götalandsregionen - Specialiserad vård - NU-sjukvården - NU-sjukvården NÄL workplace verified by Västra Götalandsregionen on 2018-02-27
Barnkliniken, NÄL
Regioner - Västra Götalandsregionen - Specialiserad vård - Södra Älvsborgs sjukhus (SÄS) workplace verified by Västra Götalandsregionen on 2018-02-27
Barnkliniken, SÄS, Borås
Regioner - Västra Götalandsregionen - Specialiserad vård - Sahlgrenska Universitetssjukhuset - Område 1 - Akutsjukvård och Barnkirurgi workplace verified by Västra Götalandsregionen on 2018-02-27
Barncancercentrum, Drottning Silvias barn-och ungdomssjukhus, Sahlgrenska universitetssjukhuset, Göteborg
Regioner - Västra Götalandsregionen - Närhälsan - Hälso- och specialistvård för barn och unga - Central Barnhälsovård i Västra Götaland - Central Barnhälsovård Skaraborg workplace verified by Västra Götalandsregionen on 2018-02-27
Barnkliniken, KSS, Skövde
Regioner - Region Jönköpings län - Primärvård - Jönköpings sjukvårdsområde
Barnkliniken, Jönköping
Regioner - Västra Götalandsregionen - Specialiserad vård - Sahlgrenska Universitetssjukhuset - Område 4 - Laboratoriemedicin - Klinisk kemi workplace verified by Västra Götalandsregionen on 2018-02-27
Statligt - Universitet - Göteborgs universitet - Sahlgrenska akademin - Institutionen för biomedicin workplace verified by Sahlgrenska Akademin on 2017-04-05
Avd. Klinisk genetik

Coworker

Magnus Sabel
Överläkare, Barnmedicin
Britta Holmström
Öl, NU-sjukvården NÄL
Milen Krumov
barnläkare, Södra Älvsborgs sjukhus (SÄS)
Antonia Quiñones Perez
Läkare, Närhälsan Mariestad jourcentral, Skaraborgs sjukhus - Verksamhetsområde K3
Margaretha Stenmarker
bitr verksamhetschef/överläkare, Länssjukhuset Ryhov, Onkologi
Martin Österbrand
barnläkare, Övrigt
Helene Sjögren
Cytogenetiker, Klinisk kemi
Tajana Tesan Tomic
Avdelningen för patologi och genetik
Josefin Olausson
Mikrobiolog, Klinisk mikrobiologi

3. Processen och projektets redovisning

Länk till webbplats / webbsida

http://biomedicine.gu.se/ominst/avd/patologi-genetik/Forskargrupper/frida-abel

Införande av molekylärdiagnostisk testning av BRAF-fusionsgener i klinisk rutin gällande hjärntumörer hos barn, from FoU i Västra Götalandsregionen
http://www.researchweb.org/is/html/vgr/project/224711